1、标志体现地缘文化特点。标志主体由抽象化字母“F”“J”和太极图组合变化构成。“F”“J”各为“福”“建”汉语拼音的首位字母,突出福建中医药大学的地域特征。太极图阴阳合抱的造型是传统中医的象征性标志,它体现了中医阴阳和谐的理念。
2、标志寓示中医院校使命。标志主体似诊脉之手,喻示福建中医药大学秉承中医传统,以救死扶伤为己任;标志又似扶携之手,喻示福建中医药大学传道、授业、解惑,带领莘莘学子走进中医的学术殿堂;标志又似传播之手,喻示福建中医药大学肩负弘扬祖国医学的重任,向世界传播中医药知识。
3、标志突出办学理念特色。标志主体形成浪花造型,展示了福建中医药大学独特的地域优势,努力为海内外学术交流作出积极贡献;跃动的浪花还体现福建中医药大学不断推陈出新,努力将学校建设成为现代外向型中医药大学。
4、标志展现古今融合内涵。标志主体运用传统的赭红色,既具有浓郁的民族特色,又与旗山校区的建筑用色相吻合;同时标志富有时代气息,暗喻学校是一所传统与现代相结合的高等院校。
5、1958年为学校的创立时间。
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